《標準》規定，除有法定的加重或減輕處罰情形外，一律不得突破法律、法規、規章規定的處罰額度。行政處罰裁量基準采用百分比模式，根據違法行為設定的裁量因素，生態環境部門在裁定處罰金額時，首先確定裁量方式中各項要素的百分值，再進行累加，然后乘以違法行為最高法定罰款上限，最后得出具體的罰款金額。

同時，《標準》還規定了從重處罰、從輕處罰、免于處罰的情形，只要出現其中一條即可適用。其中，從重處罰的情形有：違法情節惡劣，造成重大環境影響或者社會影響;經責令改正繼續實施違法行為;隱匿、銷毀違法證據;一年內實施違法行為3次以上;妨礙執法人員查處違法行為或者拒不配合執法人員現場檢查;重污染天氣預警期間、突發環境事件處置期間或者被責令限期整改期間環境違法，以及其他情形。

免于處罰的情形有：對“未批先建”等環境違法行為，未造成環境污染后果，且企業自行實施關停或者實施停止建設、停止生產等措施的;超標排放水污染物不超過2小時且超標倍數小于0.1倍、日污水排放量小于0.1噸的，不規范貯存危險廢物時間不超過24小時、數量小于0.01噸且未污染外環境的， 以及其他違法行為持續時間短、污染小且當日完成整改的;其他違法行為輕微并及時糾正，沒有造成危害后果的情形。

從輕處罰的情形有：主動消除或者減輕違法行為危害后果的;積極改正違法行為的;配合行政執法部門查處違法行為有立功表現，以及其他情形。